A trama de Coração de Mãe acompanha a jornada de Karsu (Ozge Ozpirincci), uma mulher forte que vive presa em um casamento infeliz e abusivo com Reha (Necip Memili). Mãe dedicada de três filhos, ela tenta proteger Tilsim (Mina Akdin), Selin (Miray Yeral) e o pequeno Kuzey (Sarp Kaan Altincapa) das constantes agressões verbais e do ambiente tóxico imposto pelo pai das crianças.
Entretanto, a vida da protagonista muda drasticamente após ela confiar os cuidados de Kuzey à sua mãe, Filiz (Demet Akbag). Durante um momento de distração da avó na rodoviária, o menino desaparece sem deixar rastros, o que provoca o colapso emocional de toda a família. Esse evento traumático cria uma ruptura profunda entre mãe e filha, marcando o início de um pesadelo.
Após três anos de buscas incansáveis e muita dor, Kuzey é finalmente localizado, mas o reencontro não acontece como Karsu imaginava. O menino, agora mais velho, não reconhece a mãe biológica e acredita que seu pai é Ozan (Sahin Sancak), o homem que o acolheu e o criou com afeto durante o período em que ele esteve desaparecido.
Diante da rejeição do próprio filho, Karsu precisa reunir forças para reconquistar a confiança e o amor do menino em Coração de Mãe. Além disso, ela descobre que foi traída por Reha com uma pessoa próxima, Hande (Ece Irtem), o que a motiva a colocar um ponto final no casamento e se mudar com as crianças para a casa de Filiz.
Essa nova fase obriga a personagem a conviver novamente com a mãe, reabrindo feridas do passado que nunca cicatrizaram totalmente. Enquanto tenta reconstruir sua vida em Istambul, Karsu se vê no meio de uma disputa perigosa e inesperada, pois seu caminho cruza com o de Atilla (Metin Akdulger), um homem misterioso que carrega o peso de ser herdeiro de um império criminoso.
Por fim, a protagonista fica dividida entre a perseguição vingativa do ex-marido e a atração pelo perigoso Atilla. A história de Coração de Mãe mostra como essa mãe corajosa enfrentará a máfia, os segredos familiares e o julgamento social para garantir a segurança de seus filhos e, quem sabe, encontrar a felicidade em um novo amor verdadeiro.