A novela Mãe apresenta a jornada de Zeynep Gunes (Cansu Dere). Ela é uma professora substituta marcada por um passado de abandono. Zeynep cresceu em um orfanato antes de ser adotada pela rica Cahide (Gulenay Kalkan). Sua vida muda drasticamente ao encontrar Melek Akcay (Beren Gokyildiz), uma aluna de sete anos que vive uma realidade assustadora.
Zeynep percebe rapidamente que Melek sofre graves maus-tratos em casa. A menina é vítima constante de sua mãe biológica, Sule Akcay (Gonca Vuslateri). Ela também sofre violência extrema do padrasto, Cengiz Yildiz (Berkay Ates). Sule é instável e negligente. Cengiz, o grande vilão da história, agride brutalmente a enteada e explora a companheira.
Incapaz de ignorar o sofrimento da criança, Zeynep toma uma atitude radical. Ela decide forjar a morte de Melek. Em seguida, a professora foge com a aluna. Zeynep abandona sua antiga vida para se tornar a mãe adotiva da menina. Juntas, elas iniciam uma nova jornada cheia de desafios, construindo um intenso laço afetivo e de proteção.
A fuga de Zeynep traz à tona fantasmas de seu passado. Ela reencontra sua mãe biológica, Gonul Aslan (Vahide Percin). Gonul esteve presa por muitos anos após matar o pai de Zeynep. A novela Mãe explora a complexa relação entre elas. Zeynep ainda lida com suas irmãs adotivas, Gamze (Alize Gordum) e Duru (Ahsen Eroglu).
O desaparecimento de Melek desencadeia uma investigação policial. O investigador Sinan Demir (Serhat Teoman) assume o caso. Ele se aproxima de Zeynep e desenvolve um romance com ela. Paralelamente, o jornalista Ali Arhan (Can Nergis) descobre a verdade. Ele decide ajudar Zeynep, mas também se apaixona por ela, criando um conflito.
A trama central se desenvolve na luta de Zeynep e Melek pela sobrevivência. Elas enfrentam a perseguição implacável de Cengiz e a busca da polícia. A produção aborda a maternidade e a força dos vínculos afetivos. A novela Mãe questiona o que define uma família: o sangue ou o afeto.
