A Escrava Isaura começa em 1834, quando Isaura (Bianca Rinaldi) nasce na fazenda do Comendador Almeida (Rubens de Falco), em Campos dos Goytacazes. Filha da escrava Juliana (Valquíria Ribeiro) e do feitor Miguel (Jackson Antunes), perde a mãe ainda bebê, morta sob castigo. Criada por Gertrudes (Norma Blum), esposa do Comendador, recebe educação refinada, mas permanece escrava.
Aos 20 anos, Isaura é culta, talentosa e bela, despertando inveja de Rosa (Patrícia França), que manipula todos na fazenda. A vida da jovem se complica com a volta de Leôncio (Leopoldo Pacheco), filho do Comendador, que nutre paixão obsessiva por ela. Ele casa-se por interesse com Malvina (Maria Ribeiro), filha do Coronel Sebastião (Paulo Figueiredo), mas mantém seu assédio sobre Isaura.
Após a morte de Gertrudes, o Comendador tenta conceder liberdade à escrava, mas morre sem cumprir o desejo. Leôncio queima o testamento que garantiria a alforria e passa a submetê-la a trabalhos pesados, agressões e abusos. Proibida de visitar o pai, Isaura vê sua vida transformar-se num tormento, ainda mais com as intrigas de Rosa e a cumplicidade de Malvina.
Enquanto Henrique (Gabriel Gracindo), cunhado de Leôncio, revela-se apaixonado por Isaura, a condessa Tomásia (Mayara Magri), antiga amante do vilão, busca vingança por ter sido abandonada e enganada no passado. O ciclo de violência e obsessões expõe ainda mais a vulnerabilidade da escrava, que encontra forças para resistir às perseguições dentro da fazenda.
Com a ajuda de Miguel e de aliados, Isaura consegue fugir para São Paulo, onde adota o nome de Elvira. Nesse período, conhece Álvaro (Théo Becker), jovem abolicionista que se apaixona por ela. O romance, no entanto, é ameaçado pela rivalidade com Branca (Renata Dominguez), moça rica prometida ao rapaz desde a infância.
